色譜法的分離原理是利用混合物中各組分在流動相和固定相中具有不同的溶解-解析能力、吸附-脫附能力，或其他親和作用力的差異，當兩相作相對運動時，樣品各組分在經過固定相時發生吸附、分配、離子吸引、排阻、親和的大小、強弱不同，從而在固定相中滯留時間不同，這些反復多次的作用，從而使混合物各組分獲得互相分離。 在實際分析過程中，液相色譜儀流動相與色譜柱的溫度，影響著組分的分離平衡，對于使用柱溫箱的有益之處有以下幾點：
1.可以使保留時間相對恒定，對需要進行的定性鑒別可提高其可信度；
2.保留時間的重復性是色譜分析進行定量的基礎，這一點在色譜儀檢定規程中有嚴格的要求。不同的保留時間不僅不能判斷其成份的一致性，同時，由于保留時間不同峰面積也必將發生變化，其檢測結果的可信度將受質疑。
3.溫差較大時，因保留時間不穩將增加檢測工作的復雜性。
4.溫度低的時候，因流動相黏度增加而使檢測時間延長，同時增加泵的磨損，影響設備的使用壽命。
5.如果溫度過低也可能出現堵塞高壓恒流泵、管路、進樣閥、色譜柱的現象。其原因就是溫度低溶解度相對下降而出現緩沖鹽結晶。
6.溫度低時還因溶解度下降使雜質吸附在填料上而難于洗脫，從而影響色譜柱的使用壽命。
