液相柱是消耗品，會隨使用時間或進(jìn)樣的次數(shù)增加，出現(xiàn)色譜峰高降低，峰寬加大或出現(xiàn)肩峰，柱效下降，需要定期進(jìn)行*清洗和再生。
1、反相柱
分別用甲醇：水＝90：10、純甲醇、二氯甲烷等溶劑著流動相，依次沖洗，每種流動相流經(jīng)色譜柱不少于20倍的色譜柱體積。然后再以相反的次序沖洗。
2、正相柱
分別用正己烷、異丙醇、二氯甲烷、甲醇等溶劑做流動相，順次沖洗，每種流動相流經(jīng)色譜柱不少于20倍的柱體積（異丙醇粘度大，可降低流速，避免壓力過高）。注意使用溶劑的次序不要顛倒，用甲醇沖洗完后，再以相反的次序沖洗至正己烷。所有的流動相必須嚴(yán)格脫水。
3、離子交換柱
長時間在緩沖溶液中使用和進(jìn)樣，將導(dǎo)致色譜柱離子交換能力下降，。用稀酸緩沖溶液沖洗可以使陽離子柱再生，反之，用稀堿緩沖溶液沖洗可以使陰離子柱再生。
還可以選擇能溶解柱內(nèi)污染物的溶劑為流動相做正方向和反方向沖洗。但再生后的色譜柱柱效是不可能恢復(fù)到新柱的水平的。
